روزی جابر بن عبد الله، امام باقر(ع) را در حالی که خردسال بود ديد، عرض کرد: ای پسر! روی خود را به من کن، امام(ع) به سوی او برگشت. سپس عرض کرد: قسم به آن که جانم در دست اوست، شمائل و خصوصیات پیامبر(ص) در اوست. از او پرسید: اسم تو چیست؟ امام فرمود: «اسم من محمد است» جابر پرسید: فرزند چه کسی هستی؟ فرمود: فرزند علی بن الحسین(ع) هستم، سپس عرض کرد: «جانم فدای تو باد، آیا تو باقر هستی؟ امام فرمود: آری. جابر سر مبارک امام را بوسید و گفت: « پدر و مادرم به فدایت، پدرت رسول خدا به تو سلام می رساند» پيشواي پنجم شيعيان فرزند امام علي بن الحسين(ع) و خانم فاطمه(ام عبدالله دختر امام حسن.ع.) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57 هجرى در مدينه ديده به جهان گشود. نسبت آن حضرت از جانب مادر به حضرت امام حسن(ع) و از سوي پدر به امام حسين(ع) مي رسد. نام مبارك ايشان محمد، كنيه امام ابوجعفر و لقب آن حضرت باقر يا باقرالعلوم است. در لسان العرب آمده است: «آن حضرت را باقر مىخواندند چرا كه علم را مىشكافت و به اصل آن پى مىبرد و فروع علم را از آن استنباط مىكرد و دامنه علوم را مىشكافت و وسعت مىداد.» موقعیت ممتاز علمی ایشان در بین تمام دانشمندان آن زمان مورد توجه بود. امام با اظهار گوشه هایی از علم لدنی خود، ضعف و حقارت علوم بشری را آشکار ساخت و تمام دانشمندان را مجذوب قدرت علمی خود نمود. بنا بر صفات و ويژگي هاي اخلاقي و رفتاري كه امام داشتند القاب ديگري نظير؛ شاكر، صابر و هادي براي ايشان ذكر كرده اند. امام باقر(ع) چنان عظمت معنوی داشتند که دانشمندان دیگر مذاهب را به تحسین وادار کرده است، از جمله ذهبی و صفدی از دانشمندان بنام اهل تسنن می نویسند: «] امام باقر.ع.] از کسانی است که بین علم، فقه، دیانت، وثاقت و متانت جمع کرده و برای خلافت اهلیت داشته است». در زمان امامت حضرت باقرالعلوم(ع) و فرزند بزرگوارشان امام جعفرصادق(ع) رخدادهايي مانند انقراض امويان و بر روي كار آمدن عباسيان و پيدا شدن منازعات سياسى و ظهور مدعيانى مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانى و ديگران مطرح است. ترجمه كتاب هاى فلسفى و مجادله هاي كلامى در اين دوره به وقوع مي پيوندد و برخي از شيوخ صوفيه، زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت ظهور مي كنند.
بعد از دوران حيات پيامبر(ص) جريانهاى سياسى حاكم بر جامعه سبب تفكيك قرآن از عترت در انديشه بخش عظيمى از مردم شد. قرآن كريم نيز به صورت ظاهري محور نظام دين و حكومت و مرجع اساسي آگاهي مسلمانان از مسايل عقيدتى، عبادي و سياسى بود. اما اين كتاب آسماني نياز به تفسيركنندگاني داشت كه با عمق كلام وحي مأنوس وآشنا بودند كه اين افراد توسط طاغوت هاي زمان در انزوا قرار گرفته بوند لذا با سپري شدن زمان، نيازهاى اعتقادى و پرسشهاى عبادى و مسايل جاري يكى پس از ديگرى رخ نمود و كسانى كه در جامعه به عنوان عالم و محدث شناخته مىشدند، ناگزير بايد جوابى را براى هر پرسش و مسأله فراهم مي كردند. اما عدم اشراف كامل مفسران بر مجموعه معارف عظيم قرآن و همچنين عدم آگاهي آن ها از فرهنگ وحى باعث شد تا آنان با توجيه گرى و تكيه بر آراى شخصى و گاه احاديث بىريشه، عقيدهاى را بيان نموده و يا فتوايى صادر كنند. بنابر اين، يكى از راههاى اساسى مبارزه با اين مشكل، ارجاع مردم به قرآن و هشدار دادن آنان نسبت به نظرهاي شخصي، ساختگى و غير مستند به وحى بود. امام باقرالعلوم در اين زمينه فرمودند:« هر گاه من حديث و سخنى براى شما گفتم، ريشه و مستند قرآنى آن را از من جويا شويد.» از اين رو امام باقر(ع) در زمانى كه بالغ بر نيم قرن از رحلت پيامبر اعظم(ص) مي گذشت و تنش هاى فكرى و عقيدتى، شدت بيشترى يافته بود، فرصت مناسبي پيدا كرد تا با تشكيل حوزه بزرگ درسى به اصلاح انديشهها و احياي سنت هاي جد بزرگوارش بپردازد. شرايط زمان، براى امام باقر(ع) و بعد از آن براي فرزندش امام ششم زمينهاى را ايجاد كرد كه ساير امامان معصوم(ع) هرگز برايشان مهيا نشد.آن شرايط مساعد، به دليل سستى پايههاى حكومت امويان بود. بحرانهاى درونى نظام سياسى در آن عصر، به حاكمان طاغوت فرصت نمىداد تا بر خاندان رسالت مانند حاكمان پيشين، فشار آورند و ايشان را منزوى سازند. بي شك اگر همين زمينه براى هر يك از امامان(ع) فراهم مىآمد، آنان قادر به برپايي حوزههاى علمي و تربيت عالمان و فقيهان مي شدند. اين شرايط مناسب باعث گرديد تا امام پنجم و ششم بيشترين آراى فقهى، تفسيرى و اخلاقى را در اسناد اسلامي از خويش بر جاى گذارند. امام پنجم شيعيان نوزده سال و ده ماه پس از شهادت پدر بزرگوارش حضرت سجاد(ع) زندگى نمود و در تمام اين زمان به انجام دادن رسالت سنگين امامت، احياي ارزش ها و سنت هاي پيامبر اكرم، نشر و تبليغ فرهنگ و معارف ديني، تعليم و تربيت شاگردان، رهبرى و هدايت مردم پرداخت. ايشان در نهايت هفتم ذي الحجه سال 114 هجرى در سن 57 سالگى در مدينه به وسيله هشام مسموم شد و ديده از دنيا فروبست .پيكر مقدسش ر در كنار پدر بزرگوراش در قبرستان بقيع در شهر مدينه به خاك سپرده شد.