سازمان‌های غیر دولتی به عنوان نهاد‌هایی نوپا با مشکلات فراوانی دست و پنجه نرم می‌کنند که این مشکلات در جامعه‌ی توسعه نیافته بزرگ‌تر به نظر می‌آید. مهم‌ترین این مشکلات عبارتند از:
1- ضعف امکانات و بنیه‌ی مالی
هر فعالیت اجتماعی نیازمند وضعیت مالی مشخص و قابل اعتماد است، امّا سازمان‌های غیر دولتی غالبا” در این مورد ضعف دارند. آن‌ها نهادهای قابل دولتی نیستند که از حمایت‌های دولت برخوردار باشند، از این رو به دلیل ضعف امکانات و پایین بودن توان مالی ممکن است هرگز نتوانند برنامه‌های خود را به خوبی دنبال نمایند.
ضعف بودجه‌ی ثابت همواره مانعی در راه حرکت و پیشرفت سازمان‌های غیر دولتی بوده است؛ زیرا این سازمان‌ها به طور طبیعی تا حد مشخص و پایینی می‌توانند بر مشارکت مالی داوطلبانه‌ی اعضای خود از طریق پرداخت حق عضویت حساب کنند.
راه‌هایی که امروزه سازمان‌های دولتی برای تأمین هزینه‌های مالی خود به کار می‌گیرند، عبارتند از:
1- دریافت حق عضویت از اعضاء
2- دریافت کمک‌های مردمی و بین المللی
3- انجام برخی از خدمات مطالعاتی و مشاوره ای و دریافت کمک‌های مالی در ازای ارائه‌ی این خدمات.
4- کمک‌های دولت
باید توجه داشت که کمک‌های دولت به تشکل‌های مدنی محدود بوده و از طرفی می‌تواند استقلال این سازمان‌ها را زیر سؤال ببرد؛ زیرا دولت‌ها غالبا” به حمایت از آن دسته از سازمان‌های غیر دولتی می‌پردازند که با سیاست‌های آن‌ها مخالفتی نداشته باشند و اگر سازمان‌های غیر دولتی بخواهند که سیاست‌های دولت‌ها را نقد کنند، چه بسا که دولت‌ها با قطع کمک‌های خود، این سازمان‌ها را مجبور به رکود و خاموشی نمایند. دریافت کمک‌های مردمی نیز در بسیاری از مواقع مقطعی و محدود است و در کمتر شرایطی دیده شده که جنبه‌ی استمراری به خود بگیرد. از یان رو غالب سازمان‌های غیر دولتی برای تحقق اهداف خود با مشکلات مالی دست و پنجه نرم می‌کنند.
2- عدم رسمیت از سوی دولت
فعالیت سازمان‌های غیر دولتی و دامنه‌ی فعالیت آن‌ها تا حدود زیادی متأثر از سیاست‌های دولت‌هاست. برخی از دولت‌ها به این سازمان‌ها اجازه‌ی فعالیت وسیع می‌دهند و طبق قانون به تعهدات خود در قبال آن‌ها عمل می‌کنند.
در برخی از جوامع، سازمان‌های غیر دولتی مؤثر و دارای فعالیت‌های متنوعی هستند. غالب کشورهای توسعه‌یافته چینی شرایطی را دارند. در این جوامع، حمایت افکار عمومی و پایگاه اجتماعی این سازمان‌ها تا حدی است که می‌تواند برخی از سیاست‌های دولت را به چالش بکشند و دولت را مجبور به عقب نشینی نمایند که نمونه‌ی آن کوتاه آمدن دولت‌های ضعیف در قبال سازمان‌های حافظ محیط زیست است.
امّا در برخی دیگر از جوامع، دولت‌ها به پذیرش و همکاری با این سازمان‌ها نیستند؛ زیرا آن‌ها اساسا” نهادهای مستقل را مزاحم سیاست‌های خود می‌دانند. از این رو‌ترجیح می‌دهند تا آن جا که بتوانند این سازمان‌ها را ضعیف نگه دارند، با آن‌ها همکاری نکنند و از ارئه‌ی هر گونه کمک به آن‌ها خودداری کنند. نتیجه‌ی این امر تشکیل سازمان‌های غیر دولتی ضعیف و غیر مؤثر است که تنها روی کاغذ و در اسناد و مدارک وجود دارند ولی در عمل فاقد توان برای فعالیت مؤثر هستند.
در برخی از جوامع مثل کشورهای خاورمیانه که غالب دولت‌ها غیر دموکراتیک هستند، فعالیت‌های سازمان‌های غیر دولتی همراه به محدودیت فراوان و پر دردسر است. در این جوامع که دولت‌ها به اهمیت سازمان‌های غیر دولتی پی نبرده اند، سعی می‌کنند به جای اجازه‌ی رشد به سازمان‌های غیر دولتی مستقل که برآمده از عمق جامعه باشند، سازمان‌های غیر دولتی وابسته به خود را تشکیل دهند تا هم ظاهر امر را حفظ کرده باشند و هم از دخالت این سازمان‌ها در سیاست‌های دولت جلوگیری نمایند.
به هر حال میزان آزادی عمل سازمان‌های غیر دولتی یکی از معیارهای وجود آزادی در جوامع و میزان احترام حکومت‌ها به مردم خود است و این امر در میزان اعتبار بین المللی حکومت‌ها تأثیر دارد.
3- وجود رقابت‌های موازی
جدا از مشکلاتی که جامعه و حکومت‌ها بر سازمان‌های غیر دولتی تحمیل می‌کنند، برخی از مشکلات درونی این سازمان‌ها نیز مانعی در راه رشد و پیشرفت آن‌ها عمل می‌کند. هنگامی‌که حس رقابت و مالکیت و خودخواهی جای اهداف عالیه‌ی سازمان را بگیرد، سازمان به نهادی ناکارآمد تبدیل می‌شود که محل رقابت بیهوده، بدون اثر و مخرّب اعضاء است. این حس رقابت بیش از آنکه در جهت منفعت جامعه و تحقق اهداف سازمان باشد، در جهت ارضای حس رقابت و برتری جویی اعضاء قرار دارد. در این صورت سازمان غیر دولتی به نهادی ناکارآمد تبدیل شده که روح کاری اعضای فعال را دچار فرسایش می‌کند.
گاهی اوقات نیز این رقابت مخرب و بیهوده میان دو یا چند سازمان غیر دولتی با اهداف مشترک و مشابه شکل می‌گیرد. در این صورت تحقق اهداف و خدمت به جامعه، جای خود را به رقابتی برای ارضای حس برتری خواهی و منفعت شخصی می‌دهد. این شرایط سبب می‌شود که اعتبار سازمان دولتی در میان افکار عمومی کاهش یافته و از میزان همکاری مردم با آن کاسته شود.
4- گم کردن هدف
یکی دیگر از مشکلات فراگیر سازمان‌های غیر دولتی، گم کردن هئف حقیقی و گرفتاری در مسائل حاشیه ای یا دام روزمرگی است. یک سازمان غیر دولتی بر اساس اهداف خاصی شکل می‌گیرد، اما ممکن است در عمل، تحقق اهداف فراتر از ظرفیت و بینش اعضاء باشد. در این صورت یک سازمان غیر دولتی به پاتوقی برای دید و بازدیدهای بی هدف تبدیل می‌شود که نه برای اعضاء مفید است و نه برای جامعه؛ زیرا اهداف بزرگ و دست نیافتنی هستند، لذا سازمان غیر دولتی به مجموعه ای از اعضاء بیکاره و مکانی برای اتلاف وقت تبدیل می‌شود.
اگر سازمان غیر دولتی اهداف خود را رسما” به مردم اعلام کرده باشد، این شرایط به شدت به وجهه‌ی آن ضربه وارد می‌کند و اعتبار عمومی آن را زیر سؤال می‌برد، لذا تشکیل یک سازمان غیر دولتی بر مبنای یک هدف خوب یک بحث است و تحقق این هدف در عمل، یک بحث دیگر.
5- ضعف تجربه
غالب سازمان‌های غیر دولتی از بدو تشکیل از ضعف تجربه رنج می‌برند، لذا آن‌ها برای تحقق حداقل اهداف خود نیازمند صرف انرژی و هزینه‌ی بالایی هستند. غالب اعضاء و مؤسسین این سازمان‌ها در زمان تشکیل یک سازمان غیر دولتی فاقد تجربه‌ی لازم هستند که این امر به ضعف آموزش، ضعف ارتباطات و نوپا بودن این سازمان‌ها باز می‌گردد. فقدان تجربه می‌تواند یک سازمان غیر دولتی را با مخاطراتی چون انحراف از هدف، فروپاشی، درگیری داخلی و فقدان اعتبار عمومی مواجه سازد.
6- ناشناخته ماندن
به دلیل نوپا بودن سازمان‌های غیر دولتی برای عموم مردم، فلسفه‌ی وجودی این سازمان‌ها و اهداف و اهمیتشان ناشناخته و مجهول است. غالب مردم اطلاعات چندانی در خصوص فعالیت این تشکل‌ها ندارند و از طرفی نمی‌دانند که این تشکل‌ها تا چه حد می‌توانند در زندگی آن‌ها مفید باشند.
نتیجه این می‌شود که ارتباط سازمان‌های غیر دولتی با مردم کمرنگ شده و آن‌ها نتوانند آن طور که شایسته است از حمایت‌های مردمی بهره مند شده و به مردم خدمت رسانی کنند و از طرفی مردم نیز به سادگی از کنار این فرصت امتیاز بگذرند.
7- ضعف آموزش
در غالب جوامع توسعه نیافته، آموزش مناسبی به مؤسسین و اعضای سازمان‌های غیر دولتی داده نمی‌شود و تنها با اعطای مجوز فعالیت به آن‌ها، این سازمان‌ها در جامعه به حال خود رها می‌شوند.
نتیجه این می‌شود که در بسیاری از مواقع حتی اعضاء خود سازمان غیر دولتی نیز نمی‌دانند اهمیت کار آن‌ها در چیست، چگونه باید فعالیت کنند و حدودو اختیارات قانونی آن‌ها چه می‌باشد. این سردرگمی سبب دلسردی اعضاء و اتلاف وقت و انرژی افراد و در نهایت بی اعتباری سازمان در میان عموم می‌شود.
8- ضعف ارتباطات
غالب سازمان‌های غیر دولتی ارتباطات کمرنگی با یکدیگر و مراکز اطلاعاتی و پژوهشی دارند و این امر سبب عدم استفاده از تجارب دیگر سازمان‌های دولتی و به روز شدن اطلاعات و برنامه‌های سازمان غیر دولتی می‌شود که خود این امر کارایی و توانمندی آن سازمان را به شدت کاهش می‌دهد.
9- فقدان روحیه‌ی شورایی
در جوامع توسعه نیافته که فرهنگ تکثر پذیری و روحیه‌ی تحمل مخالف جا نیافتاده است، سازمان‌های غیر دولتی برای تداوم پویا و سالم با مشکلات فراوانی مواجه هستند. در این جوامع برای تشکیل یک سازمان ممکن است شعارهای زیبایی داده شود، امّا چون ظرفیت مخالفت پذیری افراد پایین است، خیلی سریع روحیه خود محوری و خود برتر بینی بر تصمیم گیری‌های شورایی سازمان غالب شده و سازمان غیر دولتی در کمترین مدت به جولانگاه رقابت‌های بیهوده برای ارضای حس قدرت طلبی و اقتدار گرایی افراد تبدیل می‌شود. این مسئله گاها” تا جایی حاد می‌شود که یک تشکل غیر دولتی حتی قادر به برگزاری یک جلسه‌ی داخلی مفید نیست، بلکه این جلسات، کانون اختلاف‌های مخرب و بیهوده است. کار جمعی نیازمند ظرفیت بالا، گذشت، وجود فرهنگ شورایی و‌ترجیح دادن منافع و مصلحت جمع بر منافع فردی است و اگر سازمان غیر دولتی نتواند چنین ظرفیتی را در اعضای خود ایجاد کند، فروپاشی یا رکود آن حتمی خواهد بود.
10- ضعف خلاقیت و نوآوری
بسیاری از سازمان‌های دولتی بعد از مدتی فعالیت در مسایل قالبی و روزمره گرفتار شده و بدون بهره وری از هر گونه خلاقیت و نوآوری از تشکیلات مؤثر و کارآمد به یک تشکیلات ساده و بدون برنامه تبدیل می‌شوند. رویارویی با مشکلات جامعه و ارئه‌ی راه حل برای آن و غلبه بر مشکلات، نیازمند فکر خلاق و نوآور است، به طوری که این سازمان‌ها همگام با تحولات جامعه پیش بروند و بتوانند در مقابل مسائل مختلف از خود انعطاف نشان دهند. تعصب سازمانی، گرفتاری در افکار بسته، بی توجهی به نیاز جامعه و عدم بهره وری از ایده‌های جدید و راهگشا سازمان غیر دولتی را در روزمرگی گرفتار می‌کند که هم انگیزه‌ی اعضاء را کاهش داده و هم پایگاه اجتماعی آن را متزلزل می‌سازد.
11- وابسته شدن به دولت
وابستگی به دولت، استقلال شخصیت و ماهیت وجود آن را زیر سؤال می‌برد و آن را به یکی از ارکان دولت تبدیل می‌کند. انگیزه‌های مالی، حس قدرت طلبی اعضاء یا ملاحظات سیاسی سبب وابستگی سازمان‌های غیر دولتی به نهاد دولت می‌شود و در این صورت سازمان غیر دولتی به جای اینکه به عنوان نماینده‌ی بخشی از مردم، آزادانه و مستقل ایفای نقش نماید، به عنوان بازو و مجری سیاست‌های دولت، تنها در قالب و لباس مستقل و غیر دولتی عمل می‌کند.
سازمان غیر دولتی باید با دولت تعامل و همکاری داشته باشد تا بتواند بر آن اثر بگذارد، امّا رابطه باید دارای مرزهای مشخصی باشد. اگر سازمان دولتی به بهانه‌ی تأمین بودجه یا به دلیل حس قدرت طلبی اعضاء که از طریق نزدیکی به دولت به جایی برسند یا به دلیل‌ترس از فشارهای دولت موجودیت خود را در اختیار دولت بگذارد، آرمان‌های آن بر باد می‌رود و اهمیت خود را از دست می‌دهد.
هدف از سازمان‌های غیر دولتی، ایجاد گروه‌ها و جریان‌های مستقل از دولت است که مدافع حقوق مردم باشند و بر عملکرد دولت نظارت داشته باشند؛ زیرا اگر قرار بود که این سازمان‌ها وابسته به دولت‌ها باشند، دولت‌ها به اندازه‌ی کافی سازمان وابسته به خود دارند و دیگر احتیاجی به سازمان‌های غیر دولتی نبود.
متأسفانه در جوامع کمتر توسعه‌یافته بسیاری از سازمان‌های غیر دولتی که به اهمیت و حقوق خود آشنا نیستند، به بهانه‌ی حفظ موقعیت خود، استقلال خود را زیر پا نهاده و وابسته به دولت می‌شوند و دولت‌ها نیز با روش تطمیع یا تهدید تلاش می‌کنند تا این سازمان‌ها را تابع خود گردانند و استقلال آن‌ها را در سایه قرار دهند.
12- تعدّد مراکز صدور مجوز
در برخی از کشورها ما مراکز صدور مجوز فعالیت برای سازمان‌های غیر دولتی متعدد هستند و همین امر در نهایت سبب سردرگمی این سازمان‌ها و مبهم بودن حدود اختیارات آن‌ها می‌شود. هنگامی‌که چند مرجع مختلف مسئولیت صدور مجوز را برای این سازمان‌ها بر عهده داشته باشند اعتبار این سازمان‌ها به خطر می‌افتد؛ زیرا هر مرجعی که اقدام به صدور مجوز می‌کند، تنها برای آن دسته از سازمان‌های غیر دولتی که خود مجوز داده احترام قائل است و تنها آن‌ها را به رسمیت می‌شناسد، در نتیجه سازمان‌های غیر دولتی فراوان یافت می‌شوند که دیگر مراجع دولتی حاضر به همکاری مناسبی با آن‌ها نیستند.
امّا اگر تنها مرجع رسمی و دولتی مشخص مسئولیت صدور مجوز سازمان‌های غیردولتی رابر عهده داشته باشد، بحث قانونمندی این سازمان‌ها و نظارت بر آن‌ها به طور شفاف‌تری صورت خواهد گرفت و نهادهای دولتی نیز بریا به رسمیت شناختن سازمان‌های غیردولتی شرایط بهتری خواهند داشت.
